La chiesa della Madonna del Miracoli di Lonigo presenta alcuni caratteri stilistici che la collegano all'ultima fase del Gotico in terra vicentina, ma sono pure evidenti le prime manifestazioni del Rinascimento tosco-emiliano, ormai già affermato a Vicenza e Padova e nelle loro province.
L'unica navata della chiesa si corona di cuspidi o pinnacoli un tempo ornati da croci bronzee che richiamano la chiesa di S.Francesco a Mantova e il Santuario di S.Maria delle Grazie a Curtatone.
Alla navata si innestano con pittoresco disordine le cappelle che formano una specie di transetto ai piedi della navata (cappella votiva, cappella di S. Scolastica e cappella di S. Francesca Romana), quindi l'ingresso meridionale impreziosito dal portale e l'abside in cui sono particolarmente evidenti le forme rinascimentali sopra accennate.
Il fulcro di tutta la chiesa è però la cappella-santuario, a cui si aggiunsero, dopo i primi pellegrinaggi di fedeli, gli altri edifici. Merita una particolare attenzione il "vestibolo", della fine del XV secolo: pensato per diventare lo spazio della celebrazione fu, dopo pochi anni, sostituito nella sua funzione da un'aula più capiente: la grande navata centrale.